由于洁净室的特性不同，过滤器的选择首先要按照洁净室的级别、无菌程度、温湿度、耐火程度、防腐等不同要求来确定。近在京东方洁净车间里看到Rfilter过滤器，它们就是要求要耐高温，防湿，防腐的。如100级以下选择A类或B类，100级以上则需要选择C类过滤器；高温高湿条件下宜选用金属分隔板和金属框架的过滤器；有防腐要求的宜选用塑料分隔板和塑料框架的过滤器；有防火要求的，过滤器所有材料应为不燃性等等。
万级净化车间工程设计施工有多种处理方案。不同的方案可以达到相同的目的，但以下九点是必须要注意的:1.万级净化车间内污染源：建筑物组件、人员数量及操作活动、工艺设备、工艺材料及工艺加工本身等都是尘粒释放源，根据具体情况而异，变化很大，万级净化车间换气次数要大于25次每小时；2.万级净化车间内气流流型及分布：单向流要求均匀、平等的流线，但会受到工艺设备布置和位置变动及人员活动情况等的干扰形成局部涡流；而非单向流要求充混合，避免死角及温度分层3.自净时间（***时间）要求:万级净化车间工程中事故释放或带入污染物或空气中断或正常操作时的间歇性对流气流或人及设备的移动等会造成净化度恶化,***到原来净化度的自净时间决定于气流速度4.经济性考虑：过大的气流速度造成***及运行费用的增加，过大往往不必要，亦不一定有效果；5.根据产品需要给出合理设计方案,增加产品合格率,达到使用标准.6.依据现场实际情况合理净化车间工程施工方案,降低建造成本,环保节能.7.万级净化车间工程采用阶梯式差压控制,洁净与非洁净区差压大于5pa8.人员流通通道与物流通道的考滤,气闸、缓冲间的设计，拒绝交差污染。9.合理的新风系统处理,工作者在净化车间舒适的环境中工作效率更高。
洁净室使用FFU的注意事项：利用FFU解决洁净室存在的问题，利用FFU可以节省空间，解决洁净室吊顶顶端维修空间狭小的问题。由于高1级别的洁净室(如百级间)需要百级甚至十级层流罩用以解决工艺需求，洁净室吊顶上部将设立一个个巨大的送风静压箱，静压箱内设立通风机，这些静压箱连同送风管、回风管占据了很大的空间，使得维修空间变的狭小，有时甚至影响消防通道的使用。
