由于无尘室的平面和空间布置特殊，在进行各项技术设施的系统设计、设备配置时应特别注意按规定选用符合要求的系统和设备。无尘室FFU控制方式的选择：多档开关控制系统：此系统只包括FFU自带的一个调速开关和一个电源开关。由于控制元件为FFU自带，分布在洁净室吊顶内的各个位置，工作人员必须在现场通过拨挡开关来调节FFU，控制起来极不方便，而且FFU的风速可调范围有限，于几档。
如果面积较大厂房的个别无尘室有较高洁净级别的需求，那么势必集中送风的空调机组风量较大，风机压头较高，才能克服风管管道的阻力，以及初效、中效、过滤器的阻力，才能满足这些房间洁净度的需求，这样会导致空调整体运行费用增1高，而那些较高洁净级别的房间的洁净度效果却未必能满足需求。而且集中送风系统只要空调机出现故障，就会造成这台空调机所涉及的全部洁净室停止运行。
而风机多数需要在龙骨架顶端(静压箱内部)维护，但如果静压箱没有足够的高度无法从内部维护风机时，那么就要考虑从无尘室内部进行维护风机的可行性了。总之，在应用FFU时要根据实际情况进行考虑，达到既保留其特点又降低成本的目的。由于高1级别的无尘室(如百级间)需要百级甚至十级层流罩用以解决工艺需求，洁净室吊顶上部将设立一个个巨大的送风静压箱，静压箱内设立通风机，洁净无尘室施工，这些静压箱连同送风管、回风管占据了很大的空间，使得维修空间变的狭小，。
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