pH值、温度等运行控制条件出现严重偏差由于厌氧污泥中产甲1烷菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多，所以当反应器的pH值或温度的控制范围出现很大的偏差，就会使产甲1烷菌的产甲1烷能力受到严重影响，而水解酸化菌所受到的影响却远远小于产甲1烷菌，其结果同样会导致厌氧反应器发生酸化现象。在完成厌氧污泥装车后，可采用静置、搅拌、晃动的方法，尽量排净污泥上层的污水，以保证足够的污泥浓度。
在大多数情况下，颗粒污泥工艺是解决负载、***污染沉积容量比较有限条件下的污水处理的工艺，其出水量水体要优于一般的传统式活性污泥。厌氧工艺在对待浓度较高的污水层面一直肩负着的***，厌氧污泥，可是相比好氧法，厌氧工艺针对自然条件和经营管理上的要求也更加严格，因而同是众多环保污水处理行业同行业眼里的一个难题。一定要有***淤泥，假如已是颗粒污泥，只需塑造训化一下就可以了；如果使用活性污泥法的话那就非常麻烦一点。 
毒性物质流入厌氧污泥相比与好氧活性污泥，更容易受到毒性物质的***。和上述两点所阐明的一样，事实上更容易受到毒性物质***的也是厌氧污泥中的产甲1烷菌而非水解酸化菌。当废水中含有某种或多种毒性物质，其浓度还不足以严重***厌氧污泥中的水解酸化菌时，产甲1烷菌就已经受到***，污泥酸化现象就随之发生。因此，应对污染源可能存在的毒性***物进行排查。
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