与上面两种净化方式相比，湿地净化是一种较为复杂的多功能生态系统，其利用微生物的分解作用、化学吸附、物理过滤等多种方式对水中的杂质进行清除，效果明显，尤其是对养殖尾水中的氮磷元素具有较强的清理效果。湿地净化可以针对本水域的实际污染情况，进行湿地植物的种植，通过对水域工程设计和工艺流程的优化，利用植物的自身功能达到对水体的净化作用。
而且植物种植，不仅可以促进水域供氧，淡水池塘养殖尾水处理设备，而且经过人工设计可以有美化便捷的作用。部分水生植物还可以作为草鱼等的饲料，有效减少养殖成本。需要注意的是，湿地植物的种植需要结合养殖场的气候环境和鱼类养殖种类等，要因地制宜的进行开发。
在当前环保要求日益严苛的形势下，传统水产养殖场的养殖尾水直排直放、排放不达标等问题已经成为水产养殖业可持续发展面临的严峻挑战。水产养殖尾水主要包括：残饵和代谢排泄物等，既有可溶性物质，也有固体物和悬浮物，有些物质的积累会对养殖鱼类产生生理影响和毒性作用。
因此，从水体中去除或转化这些养殖废弃物，保持水体的水质质量，对水产品的健康、生长是非常重要的。为此，全l国水产技术推广总站推出了一种水产养殖尾水生态治理模式，该系统能对水产养殖池中的水完成增氧、分离、过滤、脱气、消毒、脱氮等处理，处理后的水可以作为回用水，也能达到排放标准直接排入自然水体，有效的解决水产养殖的尾水处理问题。
渔稻共作尾水处理模式
采用渔农综合循环利用模式，使养殖尾水处理与稻渔共作相结合。养殖尾水直接进入稻田。稻田中养殖鱼、虾、蟹等经济动物，渔业养殖尾水处理设备，消除田间杂草和水稻害虫，并疏松土壤；水稻吸收氮、磷等营养元素净化水体，净化后的水体再次进入养殖系统进行循环利用，养殖尾水处理，形成一个闭合的“稻－渔”互利共生良性生态循环系统，实现“一水多用、生态循环”。
工艺流程及处理要求：养殖池塘→稻田→养殖池塘。要求养殖用水循环使用。
面积配比：池塘养殖条件下，每2000~5000公斤产量配套10~15亩稻田。
适用淡水池塘、淡水养殖工程设施养殖尾水处理。
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