在细胞冻存的过程中，样本内水分会从液相转变为固相，水分也随之散失，导致细胞内盐、代谢物浓度改变，进而造成渗透压失衡，直接影响冻存细胞的复苏。同时冷冻的速率太快或者太慢，容易导致细胞内水分丧失或形成大冰晶，都不利于细胞存活。另外，生物样本内水分的相变过程也伴随着潜热释放的现象，在从液相转变为固相时会释放出大量热量，使样本温度瞬速上升。
6、潜热点应该出现在缓慢降温的第二步结束进入快速拉大温差的第三步前期；7、如潜热点位置出现时刻不对，可根据冻存曲线图调整第二步的结束温度点，形成新的优化程序，并进行新样品验证；8、复苏率是检验冻存是否成功的重要标准，有时即使曲线少有异常，但只要复苏效果好，进口细胞程序降温仪，可不关注；9、降温完成后快速转移样品至液氮罐，让其原生质形成玻璃化状态。转移过程中谨防升温幅度过大（近距离转移，或放冻存容器中转移）。
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