主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而***芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
俄罗斯科学院恩格尔哈得分子生物学研究所和美国阿贡***实验室（ANL）的科学家们早在文献中提出了用杂交法测定核酸序列(SBH）新技术的想法。当时用的是多聚寡核酸探针。几乎与此同时英国牛津大学生化系的Sourthern等也取得了在载体固定寡核苷酸及杂交法测序的国际。在这些技术储备的基础上，硅片表面羟基化，1994年在美国能源部防御研究计划署，俄罗斯科学院和俄罗斯人类***组计划1000多万美元的资助下研制出了一种生物芯片，铁表面羟基化，并用于检测尽地中海血样的***突变，筛选了一百多个外已知的突变***。
因此，表面羟基化原理，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达******于不同的生***学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生***学代谢途径中固有的***数量和被***芯片***的差异表达的***数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，表面羟基化，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
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