小动物CT比普通射线检查的密度分辨率高的多，但是仍有某些病变在CT上呈等密度改变，有必要借助于造影剂增强对病变的观察。
造影剂是一种为增强影像观察效果而注入(或服用)到生物体***或的化学制品，为获得CT更高的成像需求应运而生。这些制品的密度高于（阳性造影剂）或低于（阴性造影剂）周围***， 形成的对比可用CT显示图像。
以斑马鱼为模型的骨骼研究，是***研究领域的一个热点。利用一定造模手段，使得斑马鱼的脊椎骨发生***突变，通过Micro CT扫描并重建，颌骨uCT，可以在不***斑马鱼***体的情况下观察脊椎骨突变后的具体形态。
以斑马鱼为模式生物，研究纤毛的形成机制及纤毛遗传病的发病机理。在本项工作中，***的团队通过对斑马鱼纤毛突变体的研究，鉴定出影响体轴发育的重要***肽，指出脑脊液中1上腺素等多巴胺分子是调控该***肽分泌的重要信号，并发现***管底部的纤毛在促进脑脊液流动过程中发挥重要作用。同时，该***肽通路的缺陷可导致斑马鱼发育出现脊柱侧弯表型，此现象模拟、重现了青少年特发性脊柱侧弯的***特征。
心电门控的应用价值影像检查中，由于***或脏器的运动（例如呼吸、心跳等）容易使得影像设备（包括超声、线CT以及MRI等）产生伪影，这会降低图像的分辨率及诊断价值。因而在心1血管和呼吸***研究中，控制好由于心脏或隔膜的运动而对 Micro CT 图像产生的影响，是至关重要的。
为了获得更好质量的影像，一般运用诸如呼吸补偿和呼吸门控、心电门控和心电触发等技术来做影像修正。所谓心电门控就是为了减少或消除心腔及心脏大血管的搏动对图像造成的影响而采取的基于硬件的门控技术手段。
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