因此，台湾替代肖特玻片，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，什么是替代肖特玻片，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，尽管该方法看来比较简单，替代肖特玻片产品，实际上并非如此。
由于尚未形成主流技术，生物芯片的形式非常多，为什么替代肖特玻片，以基质材料分，有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等；以所检测的生物信号种类分，有核酸、蛋白质、生物组织碎片甚至完整的；按工作原理分类，有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类基因组的发展一起建立起来的，所以至今为止生物信号平行分析成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”，用于检测生物样品中基因表达谱的改变。折叠
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