根据DNA扩增的目的和检测的标准，可以将PCR仪分为普通PCR仪，梯度PCR仪，原位PCR仪，进口PCR仪，实时荧光定量PCR仪四类。1. 普通PCR仪一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪称作传统PCR仪，也叫普通PCR仪。如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是用于简单的、对目的***退火温度的扩增。该仪器主要应用于科学研究、教学、***临床、检验检疫等机构。2. 梯度PCR仪一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度，通常有12种温度梯度）的PCR仪称作梯度PCR仪。因为被扩增的不同DNA片段，其适退火温度是不同的，实时荧光定量pcr仪，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增，pcr仪，就可以筛选出表达量高的适退火温度，进行有效的扩增。用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。梯度PCR仪在不设置梯度的情况下也可以做普通PCR扩增。主要应用于科研、教学机构。
由于实时荧光定量PCR方法比Elisa灵敏很多，因此，血站或血液研究所一般用来研究Elisa方法的漏检率，即分析Elisa方法测定为阴性的血样，再用实时荧光定量PCR方法来复检。复检时，一般24个Elisa阴性的血样混合成一个样本进行检测。上海用此方法在用于血液制品的血液中发现一例HIV，pcr仪报价，后经测定供血者，证实的确是HIV阳性。北京市红十字血液中心正在测定北京血站中5万份Elisa阴性血样的漏检率。由于不同地区所用的Elisa***、方法、批号等都不相同，因此不同地区都有必要进行这一工作。由于荧光定量PCR方法的快速、灵敏、定量的特点，其在研究及开发方面的应用是不胜枚举的，如研究个人***型与之间的关系等；研究人员也可以根据自己研究项目开发其新的用途。
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