Micro CT不仅在活1体动物和离体***的分析研究中具有重要的应用，也在植物方面有着特殊的应用价值。可广泛应用于植物种子三维结构研究，无损探索种子腔体、胚和胚乳的变化；分析原位研究土壤中根系的三维形态结构；研究果实内部结构变化；以及植物茎流和植物水分等。通过Micro CT对果实的无损扫描，也可观察到果实的内部结构，在营养学研究与蛀虫病检测方面有极大的帮助。 像素 像素（pixel）是构成CT图像的小单位，与体素相对应，体素的大小在CT图像上的表现，即为像素。 信噪（signal/noise ratio，SNR）即信号和噪声的比值。任何一种信号中都会包含噪声，但信号和噪声之间的比值不同。在实际应用中，该比值越大，噪声的含量就越小，uCT测试，信息传递的质量就越高。
噪声 在CT中，噪声（noise）是一均匀物质扫描图像中各点之间CT值的随机波动，也可看作是图像矩阵中像素值由于各种原因引起的误差。
大密度投影 投影是把三维信息压缩到二维的常用方法.大密度投影（maximum intensity projection，MIP）将三维数据向任意方向进行投影，假想有许多投影线，取投影线经过的所有体素中大的一个体素值，作为投影结果图像的像素值.在投影线上取小值，就成为小密度投影。前者多用于显示高密度影，如血管造影，后者多显示低密度影，如气道。
在骨***研究领域，Micro CT可以很好地研究骨结构和骨密度的数量性指标及微细改变，对肿1瘤和骨转移进行监测。结合有限元分析方法，还可以反映***的力学特性变化，指导***工程、转1***工程等领域的研究，比如评价自体骨及***重建时压力和拉力状态，研究***材料的生物机械性能；仿生材料支架的孔隙率、强度研究等。Micro CT已逐渐发展为可加强甚至代替***学分析的一种成熟的技术，相信今后在骨***研究领域还将有更深入的应用
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