我们上面提到了反应的原理，由此我们可以简单的推断：温度作为变性-复性-延伸的基本设置，定量pcr仪，这个是我们需要校准的一个项目。
那么在反应的过程中，温度示值与设定值是否准确，我们需要知道。这是个温度示值误差；因为我们需要升温，降温，pcr仪，升温，这是不是涉及到一个速率的问题，升降温的快慢，会直接影响到整个反应过程，所以，升降温速率也是我们需要考量的一个方向。仪器通过加热模块去控制温度，在快速升降温的过程中，仪器不可避免的会先升高/降低温度之后，pcr仪报价，再达到所设定的问题，这就是温度的过冲，进口PCR仪，这也是可能也是一个考量的指标。达到一定的温度之后，仪器要平衡一段时间（所设定的时间），而温度平衡的时间和设置的时间，是否一致，也是要考虑的一个方向。不同的DNA模板，需要的温度和解链的时间不一样，如果解链的时间没达到要求，DNA没有完全变性，在降温复性的过程中，会***到天然的状态。
在PCR反应早期，产生荧光的水平不能与背景明显地区别，而后荧光的产生进入指数期、线性期和终的平台期，因此可以在PCR反应处于指数期的某一点 上来检测PCR产物的量，并且由此来推断模板初的含量。为了便于对所检测样本进行比较，在real-time Q-PCR反应的指数期，首先需设定一定荧光信号的域值，一般这个域值（threshold）是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号 （baseline），荧光域值的缺省设置是3～15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。
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