在使用有些厂家5通道的荧光定量仪时，为了确保实验结果的性和准确性都要在实验中使用ROX（一种荧光染料）或的Reference dye，pcr仪厂家，这些荧光染料都必须单独使用一个检测通道。这样以来，真正能检测多重PCR荧光信号的有效通道只有4个，而且使用校正染料可能会增加后期的使用成本。有的荧光定量PCR的检测通道是只为自已厂家的的荧光染料或***开放的，有效检测通道也绝非像宣传资料中宣称的那么多。在购买前确认荧光定量PCR仪器的有效检测通道尤为重要，不能单单只听宣传。
热盖功能
热盖功能已成为PCR仪的必备功能。热盖温度设为105℃，使样本管顶部的温度达到105℃左右，蒸发的反应液就不会产生凝集在管盖上而改变反应体，pcr仪，大大提高实验效率和准确性。
热盖分为可调式热盖和不可调式热盖。可调式热盖中的力矩式可调热盖，小型pcr仪，能够解决压紧热盖时用力过大及过小的问题。如果是旋转加压的热盖就要特别小心，PCR扩增仪，因为压力到达时没有明显的提示，用户需要根据经验将热盖旋到合适位置，不太容易掌握。
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