较多的接种菌液可大大缩短启动所需的时间，但过多的接种污泥量没有必要。一般说来，用处理同样性质废水的厌氧反应器污泥作种泥是有利的，但在没有同类型污泥时。不同的厌氧污泥同样对反应器的启动具有一定的影响，没有处理同样性质废水的厌氧反应器污泥作种泥时，厌氧消化污泥或粪便可优先考虑。颗粒污泥在各方面的性能都明显优于絮状污泥，还对颗粒污泥的物理特性及保存方式进行了初步研究.=。
首先一定要有接种污泥，如果已经是颗粒污泥，只需要培养驯化一下就可以了；如果采用活性污泥的话就比较麻烦一点。必须注意营养元素与微量元素，在当废水中N、P等营养元素不足的时候，不易于形成颗粒，对已经形成的颗粒污泥会发生细胞自溶，导致颗粒破碎，所以要适当加以补充。N源不足时，可添加氮肥、含氮量高的粪便、氨基酸渣以及剩余活性污泥等。
讨厌氧颗粒污泥的生物脱氮特性，颗粒活性污泥，从EGSB反应器中取出颗粒污泥，并与亚硝化反应器中的活性污泥进行了对比研究.结果表明，好氧污泥反应器对TN、氨氮和 亚硝1酸盐氮的去除率分别为45.5%、13.4%和99.9%;厌氧颗粒污泥反应器对TN、氨氮和亚硝4酸盐氮的去除率分别为54.3%、21.7%和 99.9%.厌氧颗粒污泥反应器中NH4+-N的去除速率比较稳定，约为3.17ng·L-1·h-1(以N计).上述结果充分表明，EGSB反应器中发 生了厌氧氨氧化反应。
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