植物根系的分枝结构是植物生命力的决定因素，MicroCT皮质骨，根系的生长形态与植物的土壤环境和植物的***型息息相关，因此根系的3D形态学分析是评估不同植物竞争优势的重要工具。由于植物的根生长在各种不透明的媒介中，这成为限制观察植物根系在土壤中的生长情况的主要因素，是获得原位的根系生长情况的一个巨大挑战和障碍。传统的洗根扫描法能够清晰地展现根系，MicroCT骨质疏松，但却***了其原有的状态；微根窗法能够解决原位测量的问题，正畸牙移动MicroCT，但却无法展示探索土壤内部的根系分布。 心电门控的应用价值影像检查中，由于***或脏器的运动（例如呼吸、心跳等）容易使得影像设备（包括超声、线CT以及MRI等）产生伪影，MicroCT，这会降低图像的分辨率及诊断价值。因而在心1血管和呼吸***研究中，控制好由于心脏或隔膜的运动而对 Micro CT 图像产生的影响，是至关重要的。
为了获得更好质量的影像，一般运用诸如呼吸补偿和呼吸门控、心电门控和心电触发等技术来做影像修正。所谓心电门控就是为了减少或消除心腔及心脏大血管的搏动对图像造成的影响而采取的基于硬件的门控技术手段。
体模 体模（phantom）是在CT等成像设备中用于校准的标准品，CT的体模通常由多个已知不同密度的羟基磷灰石组成。
体素 在CT扫描中，根据断层设置的厚度和矩阵的大小，能被CT扫描的小体积单位称为体素(voxel）。体素由长、宽、高三要素表示，能任意表示物体的颜色、透明度、密度、强度、形变和时间，与此对应的是二维图像中的像素（pixel)。
伪影 伪影（artifact）是由于设备或患者造成的、与扫描物体无关的影像，在图像中表现的形状各异，并会影响诊断的准确性.伪影例如患者移动造成的运动伪影、金属物造成的放1射状伪影、多能谱伦琴线造成的射线硬化伪影、层厚过大引起的部分容积效应伪影等。
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