PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，表面吸附作用强，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，pet 亲水处理，导热系数比玻璃低8-10倍，超亲水处理，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
目前的PDMS芯片键合通常是采用PDMS与玻璃进行键合的方式进行，PDMS与玻璃之间的键合通常对于玻璃的材质有要求且对玻璃表面的洁净程度要求很高，如果玻璃材质变化或者玻璃表面洁净程度不够均会导致键合强度不够从而漏液。为实现良好的键合，在玻璃材质的情况下对于玻璃的清洗要求也很严格，通常通过乙醇、去离子水超声工艺以及等离子清洗等方式反复进行，工艺繁琐且造成资源浪费。解决PDMS与玻璃键合过程中对于玻璃材质的选择问题，现有技术中主要采用的是PDMS与玻璃键合时采用钠钙玻璃进行，对于石英、钢化玻璃、ITO玻璃、 镀有其他功能薄膜(Ag膜、Au膜等)等其他材质的玻璃键合效果不理想，对于镀有电极的玻璃如果电极面积占比较大也会导致PDMS与玻璃之间键合不牢固。
硅表面疏水性处理微观机理与亲水性处理机理相似，河北亲水处理，硅表面成为疏性的基本条件为B=A=r（SL）- r（SG）＞0
硅片表面必须由高能转化为低能表面。从上式可以看出:完成上述转化的条件为或者使 r（SG）下降，或者r（SL）上升。方法还是改变其表面结构，使 r（SG）减小。硅片经过特殊清洗液洗时，表面形成的自然氧化膜腐蚀掉，Si几乎不被腐蚀。硅片外层的Si儿乎以H键为终端结构，表面呈疏水性。
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