各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡； 播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
用穴盘育苗是一项新技术。穴盘是分格的，播种时1穴1粒，分苗时1穴1株。通过大量生产实践证明，它与常规育苗相比有以下优点：
改善劳动环境，便于手工操作。可坐在温室的休息室内，蔬菜育苗盘，把穴盘放在操作台上，往穴盘里播种或分苗。作业后放到温室里。
育苗栽培：把消毒后的种子播种到育苗盘中，温度调整为25℃，保持基质湿润状。
温度适宜的话，育苗盘，种子才能更快的出苗。为了让其出苗速度更快，可以每隔一周进行一次浇水工作，要让基质保持湿润状，若温度比较高的话，还可以给幼苗的四周喷水保湿。
育苗盘
苗期管理。移苗补缺：出苗后要及时将苗床上覆盖的地膜揭去，防止揭膜过迟而形成“高脚苗”。待子叶展开后就要立即进行间苗和移苗补缺，将单多余的苗拔起移入缺苗的空，同时将多余的苗删除
播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，扦插育苗盘，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
育苗肥的选择：
一般来说，好的商品育苗基质能够提供子叶完全展开之前所需的所有养分。由于穴盘容器小，淋洗快，基质的PH值变化快，塑料育苗盘，盐分容易累计而损伤幼苗的根系。所以我们要选择品质优良而且稳定的水溶性肥料作为子叶完全展开后的养分补充。
节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫等。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。
可大批量育苗，又可节省劳力。
穴孔形状以四方倒梯形为宜，这样有利于引导根系向下伸展，而不是象圆形或侧面垂直的穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
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