原位合成法主要为光引导聚合技术，它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（ photolithography ）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。
由于尚未形成主流技术，生物芯片的形式非常多，以基质材料分，有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等；以所检测的生物信号种类分，有核酸、蛋白质、生物***碎片甚至完整的；按工作原理分类，海南蛋白固定，有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类***组的发展一起建立起来的，所以至今为止生物信号平行分析成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”，蛋白固定厂家，用于检测生物样品中***表达谱的改变。折叠
在每根光纤的顶部蚀刻出一个小洞，可镶嵌直径为3um的微磁珠。每个微磁珠上可以根据不同的需求连接不同的配体，如寡核苷酸、蛋白质、***等。制作芯片时，将带有所需配体的不同微磁珠混合后与光纤束进行自组装，通过微珠上寡核苷酸标签序列(address) 确认每根光线上所吸附的不同的微珠。现有微珠芯片上每束光纤可镶嵌1536种微珠，因此，每种微珠在一束光纤中有30次重复。结合在微珠上的寡核苷酸或者蛋白可与荧光标记的配对核酸或配体发生相互作用，发生的信号被激发后通过光纤传递到检测器。
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