PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩增量呈指数上升。反应终的DNA扩增量可用y=(1+X)n计算。Y代表DNA片段扩增后的拷贝数，X表示平均每次的扩增效率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%，实际反应初期，靶序列DNA片段的增加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，被扩增的DNA片段不再呈指数增加，而进入线性增长期或静止期，即出现“停滞效应”，使平均效率达不到理论值
我们上面提到了反应的原理，由此我们可以简单的推断：温度作为变性-复性-延伸的基本设置，这个是我们需要校准的一个项目。
那么在反应的过程中，温度示值与设定值是否准确，pcr仪，我们需要知道。这是个温度示值误差；因为我们需要升温，降温，pcr检测仪，升温，这是不是涉及到一个速率的问题，升降温的快慢，会直接影响到整个反应过程，所以，升降温速率也是我们需要考量的一个方向。仪器通过加热模块去控制温度，在快速升降温的过程中，仪器不可避免的会先升高/降低温度之后，再达到所设定的问题，这就是温度的过冲，PCR扩增仪，这也是可能也是一个考量的指标。达到一定的温度之后，仪器要平衡一段时间（所设定的时间），而温度平衡的时间和设置的时间，是否一致，也是要考虑的一个方向。不同的DNA模板，需要的温度和解链的时间不一样，如果解链的时间没达到要求，DNA没有完全变性，在降温复性的过程中，会***到天然的状态。
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