pcr-英瀚斯-实时定量pcr

18.引物是经过PAGE纯化的，为什么还有碱基缺失或插入？

答：理论上分析型PAGE变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备PAGE电泳，上样量都是非常大，电泳时的条带非常宽，带与带之间有重叠，分辨率已下降，电泳后割带回收目的引物时，荧光定量pcr，很难说不割到差别仅几个碱基的引物。国内有一个不好的现象，PAGE纯化的引物，特别是长引物要的量都比较高，导致割的条带有时可能比较宽。建议：您如果减少OD数，引物遇到的问题可能就会少一些。

19. TaqMan 探针设计的基本原则是什么？

答：下列原则供您参考。

◆TaqMan 探针位置尽可能靠近扩增引物（扩增产物50-150bp），但不能与引物重叠。

◆长度一般为18-40mer 。

◆G-C含量控制在40-80%左右。

◆避免连续相同碱基的出现，特别是要避免GGGG或更多G出现。

◆在引物的5"端避免使用G。

◆选用比较多的碱基C。

◆退火温度Tm控制在 68-70C   左右。

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16.长链引物为什么出错的几率非常高？

答：引物合成时，每一步反应效率都不能达到100%，产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长，突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失，这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增，不可能保证扩增产物中没有突变，引物合成也不可能保证100%正确。要知道，引物合成中发生错误（非人为因素）的频率，比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成，长链引物合成，pcr引物设计，您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。

17.如果测序发现突变，该如何处理？

答：遇到这种情况，首先和核酸合成厂家取得联系，生产人员会检查生产的原始记录，主要是核对合成序列是否和定单一致，pcr，他们在电脑中一般会保留所有原始数据。在确认引物合成序列没有输错的情况下，建议重新挑取测序，可能会找到正确的。根据经验，40个碱基以下的引物，测1-2个就可以了；40个以上的特别是用于全片段拼接合成的，就需要多测一些了。一般情况下，每个突变的位点都不一样，提示正确的总是有的，就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次，不过重合的引物和次的引物一样，都可能含突变，不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。***拼接过程中，实时定量pcr，如果发现一段区域突变点不多，就多测几个，否则就重合一下引物。

二、操作步骤：

1. 所有在纯化系统里使用的溶液当日都需要经过 0.22μm 的滤膜抽滤、脱气处理；保存 4℃ 冰箱里的缓冲液若要在室温使用需***至室温后抽滤脱气；

2. 样品上柱纯化前，需先滤膜过滤，少量样品可用离心（13000rpm，10min）；

3. 依次用水、缓冲液洗泵；设置流速和柱前警报压（压力值参阅层析柱及填料说明书，取较小的一个大耐受压力）。防止柱中进入气泡，影响分离效果；

4. 当柱子限压在 0.3MPa，或者在限压状态下流速很低时，pH valve 中的 Restirtor 可以切换成 Off line，即显示 By-pass 状态；

5. 当需要通过仪器上样环上样时，将 W1 阀口处换成带透明短软管的阀门，从此处阀门位通过倒吸样品上样；

6. 进样阀「Inject」为上样状态。上样结束可将进样阀切换回「Load」状态。并用纯水认真清洗上样环至少 3 次；将 W1 阀口处换回原来接头阀门。

7. 纯化结束后，用纯水清洗泵和平衡柱子；再用 20% 的乙醇清洗泵以及系统。长期不用，层析柱应保存在 20% 的乙醇中，泵放置在 20% 乙醇中；

8. 实验结束后及时倾倒废液瓶里的废液；