下面的步骤是PCR的反应原理，同时也是PCR仪的工作原理。
简单的说，就是通过高温变性，退火复性，延伸三个部分。
双链DNA在一定的环境中，通过在90-95℃变性，形成单链，然后退火降温到40-60℃，
在引物及其他辅助因子的作用下，使其初步结合，再快速升温至70-75℃，在相关酶的催化作用下，合成双链。完成一个扩增循环。
由此我们也可以得出PCR仪的一个主要参数：温度，温度示值是否准确，升温速率的快慢是影响其的一个主要因素。
具体要加什么缓冲液，要加什么引物，以及其他一些辅助因子，后续我们再去了解。
在PCR反应早期，产生荧光的水平不能与背景明显地区别，而后荧光的产生进入指数期、线性期和终的平台期，因此可以在PCR反应处于指数期的某一点 上来检测PCR产物的量，并且由此来推断模板初的含量。为了便于对所检测样本进行比较，在real-time Q-PCR反应的指数期，首先需设定一定荧光信号的域值，一般这个域值（threshold）是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号 （baseline），荧光域值的缺省设置是3～15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。
升降速率
热力块的升降速率也将影响反应的效率。这是PCR循环各阶段之间温度变化的速度。
与老式仪器相比，pcr仪批发，现代PCR扩增仪的升温速度往往更快。较新的仪器具有更快的整体循环时间和更快的升降速率，这意味着反应混合物在变性、退火和延伸步骤之间的温度时间更短。
一些现代PCR扩增仪可以通过其软件中的特定算法进行编程，pcr仪，以旧机器的升降速率。如果一个PCR方案是用旧机器开发和优化的，pcr仪厂家，然后转移到较新的仪器上，这就特别有用。
PCR机器还包括计算反应混合物达到编程温度所需时间的算法，即所需的升降速率。为了使其准确，pcr检测仪，在PCR扩增仪上进行PCR循环编程时，必须包括反应体积。如果使用的反应体积大于所述，那么机器将错误地认为样品在实际达到所需温度之前就已经达到了。
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