




miRNA测序
microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶***mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或***mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(新发现miRNA也能在转录水平调控***表达)。miRNA在物种进化中相当保守,***检测怎么做,在动物、植物和***等中发现的miRNA表达均有严格的***特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。
目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的miRNA测序,可以一次获得数百万条miRNA序列,能够快速鉴定出不同***、不同发育阶段、不同***状态下已知和未知的miRNA及其表达差异,pcr引物设计,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。
单细胞RNA测序
单细胞RNA测序也称scRNA-Seq。通常而言,一般的***细胞RNA-seq实验会产生1000万个读数,如果一个***的频率超过50RPKM,即每百万读数中每千个碱基中超过50个,这一***即被认为有表达。泊松分布下,1kb长的***有超过500个读数和4%的小变异系数,即CV值;哺乳动物细胞通产含有200,pcr检测,000个mRNA,因此至少要用50个单细胞一起才能到达小CV值;考虑到逆转录的效率和环境干扰等因素,为得到准确的表达和细胞种类的识别,需要使用的细胞数量实际要更多。

20.Primer设计的基本原则是什么?
答:引物设计的下列原则供您参考。
◆引物长度一般在18-35mer。
◆G-C含量控制在40-60%左右。
◆避免近3"端有酶切位点或发夹结构。
◆如果可能避免在3"端5个碱基有2个以上的G或C。
◆如果可能避免在3"端1个碱基为A。
◆避免连续相同碱基的出现,特别是要避免GGGG或更多G出现。
◆退火温度Tm控制在 58-60C 左右。
◆如果是设计点突变引物,突变点应尽可能在引物的中间。
21.为什么引物的OD260/OD280小于1.5 ?
答:引物应该全是DNA,但是OD260/OD280的比值为什么那么低,丽水pcr,怎么会有蛋白质污染?引***学合成,哪里有机会污染到蛋白质?需要指出的是OD260/OD280的比值不能用来衡量引物的纯度。OD260/OD280的比值过低一般是由于引物中C/T 的含量比较高所致。下表是一个20mer 同聚体引物的OD260/OD280的比值,清楚表明OD260/OD280的比值与引物的碱基组成密切相关。
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