不同特性的废水进入反应器后对pH值的影响也不同 ，例如含碳水化合物的废水会引起pH值的降低 ，而含大量蛋白质和氨基酸的废水则会造成pH值上升。因而 ，进液时废水可有不同的pH值 ，关键是保证进液后pH值的稳定 ，使废水有一定的缓冲能力 ，防止酸积累对甲1烷菌产生毒性影响。在操作过程中出水回流不仅在反应器启动阶段提供反应器一定的水力负荷 ，且由于出水碱度高于进水碱度 ，颗粒污泥，可增加废水的缓冲能力 ，减少化学物质的添加。
粒径2.5mm左右成熟的厌氧颗粒污泥中紧密粘附的胞外聚合物(tightlybound-extracellular polymeric substances， TB-EPS)和松散附着的EPS(loosely bound-EPS，LB-EPS)分别是30.2mg total organic carbon(TOC)·g suspended solids (SS)~(-1)和15.2mgTOC·g SS~(-1)，是接种污泥的1.9倍和2.6倍。研究结果表明厌氧颗粒污泥规模化培养机理是微生物代谢产物EPS的内因和选择压的外因共同作用，EPS中的TB-EPS影响颗粒的大小，LB-EPS影响颗粒的粘结能力和结构强度。
颗粒污泥的培育与驯化，需要一定控制技术: ①要一次投加足够量的接种厌氧污泥 ②将反应器内温度严格控制在35—40℃，运行170天左右，颗粒污泥才能培养完成。 ③Ca2+能促进颗粒污泥的生长; ④水流剪切是促进颗粒污泥生长的有效措施 ⑤培养过程中应控制反应器内的VFA浓度在1000mg/l以下。 ⑥颗粒污泥不宜长期运行在低负荷状况下，这样易造成颗粒污泥空心化而流出反应器。 ⑦大规模工业化生产颗粒污泥，必需稳定控制进水COD; ⑧颗粒污泥的采出应该是少量多次为宜。
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