PCR的反应包括三个主要步骤：分别是1. Denaturation 2. Annealing of primers，pcr检测仪，3. Extension of primers。 所谓 Denaturing乃是将DNA加热变性， 将双股的DNA加热后转为单股DNA以做为的模板. 而Annealing 则是令 Primers于一定的温度下附着于模板DNA两端。 后在DNA聚合酶 e.g. Taq-polymerase 的作用下进行引物的延长 Extension of primers及另一股的合成。
1. 模板核酸模板(靶***或样品DNA)核酸的量与纯化程度是PCR成败与否的关键环节之一。一般临床检测标本，可采用快速简便的方法溶解细胞，裂解病原体，消化除去染色体的蛋白质使靶***游离，直接用于PCR扩增。DNA模板提取一般采用异***胍或蛋白酶K法，要防止核糖核酸酶(ribonuclease，RNase)降解RNA。2. 引物PCR产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，pcr仪，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链作引物。每条引物链的浓度为0.1~1μmol或10-100pmol，以反应所需要的低引物量的浓度为好。3. DNA聚合酶TaqDNA聚合酶***全长2496个碱基，75~80℃时每个酶分子每秒钟可延伸约150个核苷酸，在PCR循环的高温条件下仍能保持较高的活性和良好的热稳定性，温度过高(90℃以上)或过低(22℃)都可影响TaqDNA聚合酶的活性。目前，有两种TaqDNA聚合酶供应，一种是从栖热水生中提纯的天然酶，另一种为大肠菌合成的***工程酶
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