植物根系的分枝结构是植物生命力的决定因素，骨密度MicroCT，根系的生长形态与植物的土壤环境和植物的***型息息相关，因此根系的3D形态学分析是评估不同植物竞争优势的重要工具。由于植物的根生长在各种不透明的媒介中，这成为限制观察植物根系在土壤中的生长情况的主要因素，是获得原位的根系生长情况的一个巨大挑战和障碍。传统的洗根扫描法能够清晰地展现根系，但却***了其原有的状态；微根窗法能够解决原位测量的问题，脂肪含量MicroCT，但却无法展示探索土壤内部的根系分布。 
骨质疏松（osteoporosis），是以单位体积内骨***量减少为特点的代谢性骨病变。本实验以摘除卵1巢的方式造成大鼠骨质疏松，骨***MicroCT，并且给予不同药1物干预，利用Micro CT观察并分析药1物治1疗后的骨质疏松程度（即骨***量的变化）来评价不同药1物对骨质疏松的疗1效。通过Micro CT扫描重建后的图像可以看出不同药1物对骨***量的影响，同时对骨小梁及皮质骨的有关参数进行了定量分析。此实验模式的建立，MicroCT，可有效评价不同药1物对骨质疏松的疗1效。1. 空间分辨率(Spatial resolution)在高对比度情况下，能区分相临小的物体的能力，所以也称高对比度分辨率，受系统几何参数的影响，决定了影像的清晰度。空间分辨率 = 高对比度分辨率
显微CT系统能够达到的空间分辨率，常常被引述为小的像素尺寸（也命名为“标称分辨率”）。但是，真实的空间分辨率不仅取决于图像中的像素大小，还受到X射线源焦点尺寸、平板探测器像素大小、系统结构设计、系统机械精度和重建校正算法处理等因素的影响。
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