主要原因是，DNA 固定方法，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而***芯片引起的光衍射问题，DNA固定 玻璃，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，安徽DNA固定，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
它是在***探针的基础上研制出的，所谓***探针只是一段人工合成的碱基序列，在探针上连接一些***芯片
可检测的物质，根据碱基互补的原理，利用***探针到***混合物中识别特定***。它将大量探针分子固定于支持物上，DNA固定染色，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。***芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术，把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面，可同时对大量的核酸和蛋白质等生物分子实现、快速、低成本的检测和分析。
因此，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达******于不同的生***学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生***学代谢途径中固有的***数量和被***芯片***的差异表达的***数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。
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