Micro CT不仅在活1体动物和离体***的分析研究中具有重要的应用，也在植物方面有着特殊的应用价值。可广泛应用于植物种子三维结构研究，无损探索种子腔体、胚和胚乳的变化；分析原位研究土壤中根系的三维形态结构；研究果实内部结构变化；以及植物茎流和植物水分等。通过Micro CT对果实的无损扫描，也可观察到果实的内部结构，在营养学研究与蛀虫病检测方面有极大的帮助。 
Micro-CT 用于检测肺部微环境
肺是乳1腺***细胞常见的转移器1官之一。但由于治1疗方法有限，据估计，60-70% 的乳1腺***患者死于肺转移。通常来讲，在乳1腺***细胞到来之前，肺的微环境已经发生了变化。因此，通过监测肺部微环境进行早期诊断和治1疗干预是非常必要的。
实验发现，骨***uCT，随着原发肿1瘤的生长，CT 图像中有细微的、均匀的弥漫性混浊，而肺***的 H&E 染色显示炎性细胞浸润增加。在第 21 天和第 28 天，CT 图像和 H&E 染色显示所有荷瘤小鼠都有明显的炎1症细胞浸润。结果表明，Micro-CT 可以用来观察肺内微环境的变化和转移情况。此外，与仅提供转移过程快照的***病理学分析不同，Micro-CT 还可以捕1捉到来自动物的纵向信息。
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