堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程，厌氧分解***后的代谢产物是***、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。参与堆肥过程的主要微生物种类是***、***以及***。这3种微生物都有中温菌和高温菌。堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，***逐渐减少，***逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显着减少。
完整的堆肥过程由低温、中温、高温和降温4个阶段组成。堆肥温度一般维持在50-60℃，***高时可达到70-80℃。堆肥的温度由低逐渐升高的过程，是堆肥无害化的处理过程（堆肥温度在45℃-65℃之间维持10天，病原菌、虫卵和草籽等均可被***）。当堆肥温度上升到60℃以上，保持48小时候开始翻堆，但当堆肥温度上升超过70℃时，须立即进行翻堆。翻堆务必均匀彻底，尽量将底层物料翻堆至中上部，以便充分腐熟，翻堆的频率视有机肥腐熟度而定；
研究表明，在一定温度下加热一段时间可以***病原体或者是令人讨厌的生物体。通常在60-70℃（湿热）的温度下，加热5-10min。可以***非芽孢***和芽孢***的非休眠体的活性。利用加热灭菌，在70℃条件下加热30min可以消灭污泥中的病原体。但在较低温度下（50-60℃），一些病原菌的灭活则可长达60d。因此堆肥过程中保持60℃以上温度一段时间是必须的。堆肥制作过程中，必要时应进行翻堆。一般在堆温越过高峰开始降温时进行，翻堆可以使内层外层分解温度不同的物质重新混合均匀。如湿度不足可补加一些水，促进堆肥均匀腐熟。堆肥过程中的各种生物、微生物的***、更替及物质形态转化都是同时进行的，上述分块介绍是从不同角度对堆肥发酵原理进行了简单介绍，无论是从热力学、生物学还是物质转化角度，这些反应都不是几天或十几天这么短时间能够完成的，这也是为什么即使各种温度、湿度、水分、微生物等条件都控制的很好的前提下，堆肥仍要经历45-60天时间的原因。