有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。
EM堆腐法
EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合***、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：
（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人、畜粪便风干至含水量为30%~40%。
（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，微生物有机肥菌剂，并在水泥地上铺成长约6米、宽约1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
（6）按同样的方法，在上面再铺第二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验、摸索才行。
生产用***
生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量，底施微生物有机肥菌剂， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合***、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐***等为主，在物料腐熟后加入。有机肥是富含有机质肥料的统称，它主要包括农家肥、人粪尿、各种禽畜类圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草、落叶、沼肥等，当然也包括商品有机肥。
植物(包括果树)不能直接吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，果树吸收利用的是有机物质经过腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。所以严格的说，天然微生物有机肥菌剂，未经发酵腐熟的人粪尿、各种禽畜粪、树枝、农作物秸秆、柴草落叶等，底施微生物有机肥菌剂，只能叫做有机物，不是有机肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生长不光需要氮、磷、钾等无机合成营养和矿物质营养，更需要腐殖酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土壤、土壤微生物和植物营养的纽带，处于植物营养的中心位置。
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