如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，生物有机肥，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
中国农业废弃物基本状况
农业废弃物是指在整个农业生产过程中被丢弃的有机类物质，主要包括农作物秸秆和畜禽粪便等。中国是农业大国，农业废弃物数量巨大。这些废弃物既是宝贵的资源，优质生物有机肥，又是严重的污染源，若不经妥善处理进入环境，将会造成环境污染和生态恶化。
中国是秸秆资源***为丰富的***之一， 根据***的估计，每年可产生9 亿多t 的秸秆。然而，秸秆的资源化利用率并不高，每年约有20％的秸秆腐烂或焚烧，不仅造成了资源的浪费，生物有机肥价格，而且给环境造成了极大的危害。
(1)直接参与植物新陈代谢。植物可以直接吸收简单糖类、氨基酸、腐殖酸等有机物，这些有机物直接参与到植物内部转化、代谢、合成等生***学过程。
(2)提高矿物质元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有机酸类等，使土壤中难溶性矿物质养分转成可溶，有利于同亲脂性和细胞膜亲和，提高矿物质营养元素的有效性。
(3)提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可调节植物细胞质浓度，降低冰点使植物抗寒，生物jian、酸类物质抵御或杀灭病原菌和***昆虫，增强植物抗病虫能力。
(4)增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了充足的营养，使土壤微生物种群和数量增加。
(5)改善土壤理化性质。腐殖酸中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可全改善土壤水、肥、气、热状况。
可以看出，它的优点是含有非常丰富的有机质、腐殖质和植物搜需要的很多种营养元素。有机肥它可以改良土壤和改善土壤中的***，可以提高土壤的结构、提高土壤的营养元素、增强土壤保肥保水能力、调节土壤酸碱度、促进土壤微生物活动、提高土壤养分有效性等都具有良好的作用。
缺点是它的养分浓度低，提供土壤营养元素非常的缓慢，因此对增产效果不是那么的明显。
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