尽管菌包工厂化生产的节能减耗作用在多地食用菌产业发展中已得到充分体现，但受到建厂***大、技术人员短缺、后期管理***多等制约因素的影响，各主产地菌包工厂化产量占全部生产量的比例还比较低，菌包工厂化产品还远远没能满足生产的需求。原则是：做好工具消毒，先少后多，先浅后深，先细后粗，在料面结合紧密处刺，不能带起薄膜，不能触及生料。调查中了解到，2015年黑龙江省木耳生产投放量在60亿袋左右，集中在牡丹江、伊春、尚志、大兴安岭等几个产区，而全省木耳菌包厂的总体生产能力刚刚接近5亿袋，还不到生产量的十分之一，未来发展空间巨大。
菌丝短期缺氧时，能借助酵解作用暂时维持生命活动，但要消耗大量营养物质，菌丝逐渐衰弱老化，缩短寿命。菌丝严重缺氧时，生长受阻，培养料难以被菌丝覆盖，易染杂菌。香菇菌袋在培养阶段，一般要经过三次刺孔过程。装袋扎口一体机的使用，节省了装袋机与扎口机间的人力对接，从而减少了劳动力数量2。通过刺孔使菌丝吸氧充分，使生长处于活跃状态，代谢活动加强，使菌丝健壮生长。 原则是：做好工具消毒，先少后多，先浅后深，先细后粗，在料面结合紧密处刺，不能带起薄膜，不能触及生料。不能在瘤状物上刺，不能在杂菌处刺，气温在30℃以上时不刺，料袋过松不能刺小孔，待菌丝长满袋再刺孔，大袋、湿袋适当多刺孔。 刺孔的时间或办法：
一次刺孔：当菌丝长到8-10公分大小，用牙签刺孔4-6个，深0.5-1公分，刺孔后菌袋“井”字型排放6-7层，堆与堆之间留空隙。定期通风。
第二次刺孔：菌丝大部分相连，菌丝占袋三分之一或一半时第二次刺孔，用毛衣针每穴刺6-8个，深2公分，加长通风时间。智能拌料系统可实现：定时自动搅拌、定量自动加水、拌料完成自动输送、电机过载保护、故障报警：装袋扎口一体机自动上料系统，拌料机与装袋机无缝对接。（菌丝相连时及时脱去外套袋） 刺大孔：第三次刺孔应在菌丝长满半月后瘤状物达2／3时刺大孔，刺孔筷子头粗细即可（5毫米左右），每袋刺孔50—80个，刺孔多少根据袋子干湿度、袋子大小情况掌握和养菌环境而定，刺孔后三四天内不要湿水。
食用菌栽培与作物不同，用的不是土壤，地面只是食用菌栽培的支持物。食用菌栽培用的是培养料，食用菌 要将培养料分解建造自身。这些培养料绝大多数都是人类不能作为食物直接食用的木质纤维素类的农林副产品，如 秸秆、木屑和禽畜粪便等。
食用菌虽然种类很多，但是栽培程序基本是一样的，即培养料制备→灭菌或发酵→接种→发菌（有的食用菌需覆土 )→出菇（耳）→收获。有的种类只出一茬，有的可以出几茬。
栽培食用菌的方法主要有生料栽培、发酵料栽培和熟料栽培。所谓生料栽培，就是将培养料加水搅拌均匀后不再灭 菌或发酵而直接接种，然后在适宜环境条件下发菌出菇。目前可以 生料栽培的种类只有平菇、草菇和大球盖菇，其 他种类都不能生料栽培。 发酵料栽培是将各种原料拌匀后，按一定规格要求建堆，堆积发酵，当堆温达一定要求后，进行翻堆，一般要翻 3~5次，然后在自然条件下接种，在适宜环境条件下发菌出菇。4、停机维护，每工作一季停机待用时，烘干机应清理内风道杂物，提升机应松动张紧丝，风机应清理风叶粘附物，热风炉交换器应清理沉降池积灰，并逐根清理列管管道。 凡可生料栽培的种类都可进行发酵料栽培。必须使用这一方法的都是蘑菇属的各种，如双孢蘑菇、大肥菇、巴氏蘑 菇（姬松茸），草菇、平菇、鸡腿菇等也常应用此法。 熟料栽培是指将培养料装入一定大小的容器，常用塑料袋，然后进行常压或高压灭菌，将培养料内的生物全部sha死 。冷却后经无菌操作接种，在适宜环境条件下发菌出菇，如香菇、杏鲍菇、金针菇、木耳、银耳、白灵菇等都是 样栽培的。
此外，一些共生菌类，如松茸、牛肝菌等非腐生菌类，用上述任何方法都不能栽培出菇。但是由于其美味，市场价 格好，为了增加野生状态的采集量，人们进行了半人工栽培。所谓的半人工栽培，就是人工接种在自然发生的场所 ，增加菌丝生长量，促使子实体多发生。
