化肥过量对土壤的危害
据研究，过量施用磷肥，会造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特别是对喜硅的禾本科作物的影响更大。土壤含磷量过高，作物吸磷越多，导致植株呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累的干物质，造成繁殖器管提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。向土壤中过量施入钾肥时，钾肥中的钾离子置换性特别强，能将形成土壤团粒结构的多价阳离子置换出来，而一价的钾离子不具有键桥作用，土壤团粒结构的键桥被***了，也就***了团粒结构，致使土壤板结。
长时间暴露在空气中
有时菌剂买多了，袋子拆开了却用不完，就随便把袋子绑着，没有把袋子绑严实。但袋子没绑严就会有其他杂菌***袋内，微生物菌群就会发生改变，再施用的时候可能微生物肥中的菌都已经被杂菌污染或者失活了。
微生物肥料：含有特定微生物体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物肥料包含微生物接种剂（农用微生物菌剂）、复合微生物肥料、生物有机肥。
使用微生物菌剂常见误区
1、习惯与化学农要混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀***药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死。
2、轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
3、使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。