使用生物菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀部分微生物菌，降低肥效。
改良土壤的具体方法
向土壤中施入微生物肥料。微生物的分泌物能溶解土壤中的磷酸盐，将磷素释放出来，同时，也将钾及微量元素阳离子释放出来，以键桥形式***团粒结构，消除土壤板结。
改善土壤，种植有机农作物。为土壤补充丰富的有机质以及养分。施肥不是给农作物施肥，而是给土壤施肥，很多人为了加快农作物生长，误认为多施肥有助于作物的生长。
补充土壤中的有机肥。土壤中有机物质补充不足，土壤有机质含量偏低、结构变差，影响微生物的活性，从而影响土壤团粒结构的形成，造成土壤的酸碱性过大或过小，导致土壤板结。土壤改良多用有机肥，肥力和土壤中有机质的含量有很大关系，而有机肥就可以为土壤补充丰富的有机质以及养分。
使用微生物菌剂需要注意5个事项
注意1：
氮、磷、钾总含量超过7%时与菌混合，会***菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过7%，一旦超过会***菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于7%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的jun种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分亡。但如果厂家选用的是耐化肥的jun种，就可以保证菌肥肥效。
注意2：
不要将菌肥与杀菌剂、***和含硫的化肥(如***钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第壹、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
注意4：
在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀四***；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
注意5：
高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。