清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。特别是支气管镜可能污染的分枝对抵抗力较强，与消化道内镜一同清洗易发生交叉污染。未来的发展若有理想的高水平***，则不需要强调不同系统的软式内镜清洗槽、内镜自动清洗消毒机分开设置。
手工清洗还是机器清洗？
清洗效果直接决定消毒效果，特别是对于软式内镜，更多的是依靠化学消毒及灭菌，如等***短时间达不到高水平消毒，目标微生物的减少主要是清洗，残留污染物将显著影响消毒效果，所以清洗质量非常关键。
究竟是采取哪种方式清洗，面临比较大的问题，目前常常将两种清洗方式对立起来了。机器清洗对保证清洗质量的稳定性似乎更好一些，但强调机器清洗之前应该手工清洗。
清洗流程如下：
a）在清洗槽内配制清洗液，将内镜、按钮和阀门完全浸没于清洗液中。
b）用擦拭布反复擦洗镜身，应***擦洗插人部和操作部。擦拭布应一用一更换。
c）刷洗软式内镜的所有管道，刷洗时应两头见刷头，并洗净刷头上的污物；反复刷洗至没有可见污染物。
d）连接全管道灌流器，使用动力泵或将各管道内充满清洗液，浸泡时间应遵循产品说明书。
e）刷洗按钮和阀门，适合超声清洗的按钮和阀门应遵循生产厂家的使用说明进行超声清洗。
f）每清洗1条内镜后清洗液应更换。
g）将清洗刷清洗干净，高水平消毒后备用。