温度对生化培养过程起着至关重要的作用。目前，尽管废水处理工程尚未做到对生化系统控制温度的程度，但是各生化反应系统、各运行阶段中温度的测量和分析依旧对生化污泥驯化培养过程起到指导性作用，它能够为生化培养过程中各现象的解释提供依据，有助于帮助管理及操作人员对系统运行管理做出正确及时的判断。 温度在很大程度上影响活性污泥（包括厌氧、兼氧和好氧）中的微生物活性程度，并且对诸如溶解氧、曝气量等产生影响，同时对生化反应速率产生影响。
从实际出发，运行人员应熟练掌握活性污泥中常见的微型指示生物：变形虫、鞭毛虫、草履虫、钟虫、线虫等。这些微生物中的某一种或几种是否占优势以及比例多少，将取决于工艺的运行状态。在活性污泥培养初期，活性污泥很少或基本没有，此时镜检会出现大量的变形虫，当变形虫占优势时，对污水基本没有处理效果。 在超高负荷的活性污泥系统中，鞭毛虫占优势，出水质量很差。但在活性污泥培养过程中，鞭毛虫的出现并占优势，则说明活性污泥已经形成，并且向良性方向发展。
