经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区一：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
部分微生物jun种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。
要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区二：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。
少数用户在选购微生物肥料时，只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合***菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等，不同品种具有的功能也不同。
误区三：超过保质期使用就没有效果。
超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。
在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，超过保质期使用，其作用非但没有减效，而且较之前更突出，有待进一步研究。
土壤微生物菌剂的功能
1.提高化肥利用率。
微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为塑效钾、塑效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费
2、 改善土壤养分。
微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。可降解土壤中的***含量，减少土壤的污染。
3、保护生态环境。
微生物菌剂是绿色环保的产品，利用的原料是自然界可降解的物质，对生态环境零污染。
从原始的农家肥到化肥的转变，又到化肥的过量使用，造成化肥利用率严重偏低，微生物肥料将是未来肥料发展的重要方向。
什么是微生物菌剂
“微生物菌剂”是微生物肥料的其中一类产品，绝大多数还是针对解决土壤的各种问题。微生物菌剂的使用大大减少了化肥的用量及减少污染。
而且可以通过微生物之间或与植物之间的互作来增强植物的抗病与抗逆能力，这对于提高农作物品质及产量、延长农产品的采收期和自然保鲜期有着重要意义。