开机：
1、打开机箱左侧的总电源开关，气压数显为大气压110pk；
2、按住控制面板上的总开关键三秒钟以上，温度数显为冷阱的实际温度；
3、启动制冷机，预冷30分钟以上；
4、将样品放入样品架，盖上有机玻璃罩，并启动真空泵；
5、待气压数显稳定后，记录温度和气压数值。
停机：
1、纪录停机前的温度和气压数值；
2、按住控制面板的充气阀，并立即关闭真空泵；
3、气压数显为大气压时，打开有机玻璃罩，取出样品；
4、关闭制冷机，按住总开关键三秒以上，后面关闭总电源开关；
5、等冷阱中的冰完全化成水后，打开机箱左侧的出水阀放水，并用干布清洁冷阱内壁，盖上大张滤纸防尘。
开始使用冷冻干燥机时，必须对仪器各部件进行彻底的清洁，不锈钢的部件使用乙醇进行清洗，有机玻璃使用生理盐水进行清洗。安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗。
冷冻干燥之前必须要进行预冻，欲动需要准备低温冰箱，零下40摄氏度，或者是零下80摄氏度的低温冰箱，把准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右，可以直接从外面进行观察到，物品完全冰冻实后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥效果。如果冷媒蒸发温度过低，使蒸发器铜管表面温度在负荷条件下低于水的冰点，则凝结水就会在蒸发器里结冰，严重时阻塞气流通道，使供气管道瘫痪。
冷冻干燥机主机与真空泵之间由绿色的真空管连接，连接处使用国际标准卡箍。这种卡箍为了有效防止空气的泄漏，在卡箍内特被设计了一只密封橡胶圈。由于顶部排风的冷干机在风扇转动时，冷却的空气是从冷凝器的进风口进入冷凝器的，从而达到冷却冷媒的目的。在防止漏气的方法上.涂抹适量真空脂在橡胶圈上，再用卡箍卡紧，能使连接处更紧密的贴合在一起。如果没有卡紧卡箍，就会造成空气泄漏，导致在抽取真空的时候仪表盘显示数显值大于20pa，此时就应该检查真空泵以及冷冻干燥机玻璃罩的气密性。