益生菌到达肠道后（注意，这里说的是那些可以通过胃酸、胆盐后到达肠道仍然可以保持活性的益生菌），能够逐渐恢复肠道菌群平衡，使肠道功能恢复正常。相关性腹泻、急性性腹泻、肠易激综合征、溃疡性结等等这些腹泻的根本原因都是肠道菌群失调。
益生菌不足会使人体营养吸收不充分、不均衡、从而造成自身抵抗力下降，体质差、易感冒、体弱多病。
补充足量的益生菌能调节人体各种微量元素的代谢，又能促进蠕动，增体均衡吸收营养的能力，从根本上增强体质，从而提高人体抵抗力。
这个时候，其实在人体的消化系统中，益生菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的，细菌们或者转移阵地或者被战死。有害菌为了存活会释放比平时量更多，或者改变代谢途径生成新型来对抗益生菌。而这些在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状。
所以有这些副反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。有时这些副反应反倒是一个好信号，因为说明益生菌起作用了，有害菌正在。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
益生菌的菌株挑选、运输方式、储存条件都会对活性产生影响，即使足够幸运，益生菌能够活着进入口中，从口腔到肠道的距离，对益生菌来说也是一场历劫，需要经过胃酸、的洗礼，许多不耐酸、不耐碱的菌可能在前进的道路上就牺牲了。定植的益生菌在肠道内经过一段时间的“战斗”，发挥的作用才能被我们看到，直观的就是症状有了好转。
总之，益生菌不是“药”，不能马上，有益菌需要经过一段时间与有害菌的“”，当有益菌处于优势时，症状的好转才能逐渐显现出来。益生菌也不可盲目乱用，需对症，在专业人员指导下服用。