清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。 清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。
***器械生锈是长期以来困扰***供应室的普遍性问题，***器械绝大部分由金属材料做成，以钢铁材料居多，且多为不锈钢，为保持其高硬度及锋利度，多采用仅含13％Cr的不锈钢作为材料，但却相对容易生锈。
金属器械对灭菌因子的适应性比较广，它们耐高温、耐高压、耐辐射，但多数不耐腐蚀。器械生锈不仅会给***造成经济损失，而且粘有锈迹的器械表面容易形成生物膜。造成灭菌失败，引起医源性，延长患者的住院时间，增加患者的痛苦，造成资源的浪费。因此。在整个清洗、消毒及灭菌过程中要注意器械的物理性能，采用科学的清洗消毒流程，减少器械损耗。
清洗流程如下：
a）在清洗槽内配制清洗液，将内镜、按钮和阀门完全浸没于清洗液中。
b）用擦拭布反复擦洗镜身，应***擦洗插人部和操作部。擦拭布应一用一更换。
c）刷洗软式内镜的所有管道，刷洗时应两头见刷头，并洗净刷头上的污物；反复刷洗至没有可见污染物。
d）连接全管道灌流器，使用动力泵或将各管道内充满清洗液，浸泡时间应遵循产品说明书。
e）刷洗按钮和阀门，适合超声清洗的按钮和阀门应遵循生产厂家的使用说明进行超声清洗。
f）每清洗1条内镜后清洗液应更换。
g）将清洗刷清洗干净，高水平消毒后备用。