石墨坩埚需要保持清洁，内外应光亮，经过长久灼烧后，坩埚外表可能黯然无光，日久必深入到内部致使坩埚脆弱损坏，因此必须清除不清洁的物质。等静压工艺采用清洁能源，从根本上解决了污染问题，周期短，***高。如仍有污点或表面发乌，则用通过100筛目的无尖锐棱角的细砂，用水润进行轻轻摩擦，使表面回复光泽。对于那些仍难以清理的物质，可以在稀盐酸内煮沸，注意所用的盐酸中不得含有卤素等到氧化剂。如果尚不能洗净时，则用碳酸钠或硼砂熔融清洗。
石墨坩埚属陶瓷制品，石墨坩埚壁内存在一定数量的气孔，容易吸潮，所以，初次使用石墨坩埚之前，在不加料的条件下，石墨坩埚一定要进行预热，以确保没有湿气残留在石墨坩埚壁中：建议是放在有温度的炉边，烘烤24小时以上，在这段时间内，石墨坩埚要转动几次，使其均匀受热，去除石墨坩埚壁内的潮气，以免石墨坩埚升温太快，造成坩埚热膨胀，出现掉底、脱层或爆裂。目前，我国天然石墨出口产品主要是石墨精矿和石墨粉等初级产品，而进口则以高、精、尖石墨产品为主。
散装的石墨坩埚应放在木架上，以离地面25～30cm为宜；以木箱、柳条筐篓或草袋包装的整装件，货垛下面须垫枕木，离地面不低于20cm，在枕木上铺垫一层油毡更利于隔潮。码放一段时期必须倒垛，把下层的倒在上层，是上下层相对地倒。大部分石墨坩埚采用耐高温封闭涂料，可以长时间耐明火烧烤，涂料主要采用纳米鱼鳞片状结构，致密性好，有效的防止氧在高温下扩散。倒垛时间间隔不可过长，一般两个月倒垛一次，如果地面潮气不大，可三个月倒垛一次。总之，勤倒垛才能收到好的防潮效果。
