大棚微灌常用的注水器容易堵塞。低头和管控堵塞不易解决。引起堵塞的原因有水中的泥沙、有机物质或微生物以及化学沉凝物等。因此微管的水质要求较严，一般均应经过过滤，必要时还需经过沉淀和化学处理。
在含盐量较高的土壤上进行普通水微灌，1寸喷灌机喷头，或利用微咸水在非盐碱地进行微灌时，盐分会在土壤湿润体的边缘积聚，引起小雨勾盐危害，这时应继续进行微灌把盐分压到根部以下。
微灌采取局部湿润灌溉，由于作物根部的向水性，将引起作物根系集中向土壤湿润处生长。因此，喷灌喷头，在布置注水器时要均匀。
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微喷灌
微喷灌是利用直接安装在毛管上或通过φ4mm塑料管与毛管连接的微喷头将压力水以喷洒状湿润土壤的一种注水技术。
微喷头有折射式和旋转式两种，前者喷射范围小，水滴小，40喷灌带，是一种雾化微喷灌；后者喷射范围较大，天峨喷灌，水滴也大。微喷头的流量通常一般为20～250L/h。
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喷灌智能控制系统总的来说主要包括了三个层次，它们分别是自动化、信息化和智能化
首先是自动化，过去的喷灌作业需要人工开启或关闭阀门，而现在使用喷灌智能控制系统则实现了时序自动控制，灌溉的过程更加省力和高节水；
其次是信息化，喷灌智能控制系统会利用各种不同类型的传感器对包括气象、土壤水和养分、作物等信息进行获取，因此灌溉作业更有针对性，也更加精细；
第三是智能化，它指的是喷灌智能控制系统为现代农业灌溉提供了一套智能化的解决方案，让现代农业生产更具“智慧”。
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