秸秆通过非病原微生物作用还田具有提高土壤有机含量，改善土壤物理性状，增加土壤微生物，生物有机肥，使土壤变得松疏易于耕种，减少病虫草害的发生。正确使用生物有机肥，可以提高农产品的产量和品质，具有很好的生态效益和经济效益。因此，生物有机肥工厂化生产对畜禽养殖业、肥料加工和种植业都会产生良好的经济效益和社会效益。此外，有机肥产业的发展还可以从根本上解决有机废弃物对大气、水和土壤环境的污染，使农业生产走可持续发展的道路。
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生物有机肥的利用价值提高化肥的利用率单纯使用氮肥：由于挥发、淋失、径流等原因，氮肥的利用率只有30%-50%，且造成地下水污染，施用生物有机肥后，可提高氮肥的利用率。同时施用生物有机肥后，有机肥经微生物分解后产生的有机酸可使土壤中难溶的磷酸盐转化为可溶性养分，提高了养分的有效性，发挥了土壤的潜在肥力。2、改良土壤，提高土壤肥力：土壤施入生物有机肥后可增加土壤有机质含量，经微生物分解后形成腐殖酸，能改善土壤结构，增加土壤中有益微生物的含量，生物有机肥厂，其中的解磷、解钾***能有效活化被土壤固定的磷、钾及其他养分，降低化肥用量，减少土壤板结，为大田作物生长提供适宜的生长环境。同时有些微生物分泌的植物能促进作物生长，如能拮抗病原生物。
有机肥对作物的好处：1.促进作物生长，提高作物产量：有益菌分泌的代谢活性物质能刺激作物生长发育，***徒长，调整作物营养平衡吸收，平衡生长。作物根系发达，生物有机肥图片，叶面宽厚柔软、有韧性，光合作用增 大，开花早，结果多，膨果均匀，高产。2、诱导抗性***的表达，提高作物抗病抗逆能力。一方面有益菌在作物根系周围大量繁殖，生物有机肥，形成优势菌群，能有效的阻止病原菌侵染作物，减少作物发病机会，预防作物的苦痘病及青锈病的发生。另一方面，有代谢活性物质能诱导作物产生，增强作物的抗病性、抗逆性。增强作物抗旱涝、低温的能力。3、促进有效物质合成，改善农产品品质。有效的改善农产品的外观，促进氨基酸、可溶性糖、***等营养元素的合成，降低、***等***物质含量，农产品口感好，保鲜时间长、耐储存，提高商品价值。
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