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为使消毒工作顺利进行，取得较好效果，须根据不同情况，选择适当方法。一般应考虑：病原体的种类不同病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如***芽胞对各种消毒措施的耐受力强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为难消毒的代表。其他如对热力消毒敏感，而对一般***的耐受力却比其他***为强。***孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对的耐受力与***繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。易为碱***，但对酸耐受力强。至于其他***繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
消毒对象的性质：同样消毒方法对不同性质物品、效果往往不同。对油漆光滑的墙面，喷洒药液不易停留，应以冲洗、擦拭为宜。对较粗糙墙面，易使药液停留，可用喷洒消毒。熏蒸，对易于吸收的布、纸张效果较好，而对金属表面，须延长时间。粪便、痰液消毒不宜用凝固蛋白质药消毒柜物处理，因蛋白质凝固对病原体可起保护作用，高压蒸气杀菌效果虽好，但不宜用于毛皮，塑料和人造纤维制品。熏蒸赛璐珞制品，高浓度或含氯***如漂浸泡绵织品，来苏液多次长时间浸泡乳胶手套，均可造成损坏。对于食品及餐具不宜用***或有恶臭的消毒液处理。
卫生防疫方面要求不同条件下传播机会不同，在防疫方面要求不同。流行时，发病严重的疫区，应集中应用效力好的与器械。发病少的外围地区，可采用简易消毒方法。病房，患者集中，污染严重，消毒量大，应采用固定设备和***措施，病家消毒属于临床措施，工作量小，可采用简易措施及方法。饮水应在净化基础上煮沸，生活用水净化后加氯消毒即可。对呼吸道，强调空间隔离，通风和合理的带口罩，对肠胃道病应强调用具，粪便、呕吐物消毒和接触后洗手。不同病种的消毒，应注意区别对待。患者，应用较强含氯***或氯人剂消毒，不宜应用季胺盐及来苏等一般***处理。在消毒工作时还须注意影响消毒的因素，如***量（包括消毒的强度及作用时间），消毒物品污染的程度，消毒的温度，湿度及酸碱度，有关化学拮抗物，***的穿透力及表面张力等。
