在风险排行榜中，的是内窥镜。由于内窥镜结构中包含多个小而长的开放通道，为微生物、分泌物和血液的残存与提供了环境。近年来发展起来的鼻胃镜、软式带腔喉镜等管腔极细的内镜，此问题尤其突出。
软式内镜使用后的污染物成分主要包括血液、糖类、脂肪类、蛋白类物质，尤其是以蛋白质为主的黏多糖，极易干涸造成清洗的困难，以内腔壁污染更为严重。因此内镜检查结束离开身体后，清洗越早效果越好；而快又针对性的，就是床旁处理。
内镜清洗的方式是先手工清洗再机械清洗。手工清洗后，应当按照内镜生产商提供的使用说明书，软式内镜应该机械清洗并暴露于高水平***或液体化学灭菌剂中进行机械处理，或机械清洗和灭菌。机械处理包括机械清洗、机械高水平消毒或灭菌和机械漂洗。大量证据表明，机械处理可提高清洗效率，提高工作效率，减少人员清洗职业暴露，并且可以更成功地监控质量和一致性，但目前手工清洗仍是必需的。
手工清洗器械等物品，到底用啥清洗剂效果好呢？有文章报道，碱性清洗剂的手工清洗效果要好于多酶，也有文章报道说多酶清洗剂好于碱性清洗剂，众说纷云，这个问题在SIFIC论坛上引发了一场《手工清洗时碱性清洗剂一定比多酶清洗剂效果好吗？》大讨论，那么手工清洗到底应该怎么选择清洁剂呢？
清洗的目的是将污物带离物体表面，溶解或悬浮在清洁剂里，并通过漂洗彻底脱离复用器械。清洗是一个复杂的过程，清洁剂的选择也应该满足行业标准。