按作物品种
一般大田作物选用氮磷钾复合肥,小麦高产田应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻、谷子等密植作物,适宜用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米应选用颗粒状复合肥；蔬菜尤其是果菜和根菜类及果树等经济作物需要较多,应选用含钾较高、低氮的氮磷钾复合肥。
按土壤性状
对微碱性、有机质含量偏低(土壤ph值一般为8.0左右)、有效氮和磷缺乏的土壤,一般应选用酸性复合肥,如磷酸一铵或腐植酸类氮磷钾复合肥、氮磷复合肥为宜。但对少数红粘土或酸性棕壤土应选用碱性复合肥,如磷酸二铵等。
复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
复合肥是一种具有很高营养成分并平衡的肥料可以利于提高产品的产量，其有着两种或以上的营养元素。但是我们在使用复合肥的时候也需要注意，其养分的比例是固定的，我们需要针对土壤的不同来进行搭配。
复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5到10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。