巴氏杀菌机运行之前要进行性能测试，以下是测试的具体内容：打开冷却水循环系统，使冷却水液面保持在冷却水液面保持在冷却器镜中线位置开始循环。 开真空泵开泵前，先将真空泵关阀然后逐渐开启让真空泵升高。 在真空泵升高过程中，因真空泵影响闪蒸器出料泵，出料呈减小，液面上升必须关小四段式杀菌器进料口，使液面稳定。与此同时关闭蒸汽入口截止阀，开启放水截止阀放净高温桶内加热蒸汽，然后关闭。因此时真空泵不必达到***大（0.08）。
巴氏杀菌机放置方法主要考虑加热介质与包装容器的热交换路线畅通并均匀一致。为此，要注意包装容器在杀菌时的排列方法与紧密度。杀菌时包装容器是静止还是运动包装容器静止不动杀菌主要靠热传导升温，包装容器运动特别是回转运动，增加了对流作用，故传热速度快，操作时间短。设计和操作热力杀菌机械与设备时，即使包装容器的物料中心部位达到要求的杀菌温度和时间，也必须控制好杀菌温度和时间两个重要参数。杀菌的温度热杀菌主要靠温度作用，提高温度可以缩短杀菌时间，在同等杀菌效果前提下，温度每增加10℃，则杀菌时间缩短至原来的1/10
高压杀菌结束后，在喷入冷水降温冷却时，要先通入压缩空气增压，压缩空气的压力应使杀菌锅内的压力略高于罐头内的压力，以防止罐头内压膨胀，***后通过喷水管放人冷却水，使水均匀地分布冷却。冷却水和蒸汽相遇将产生大量气体，这时必须打开排气阀排气。排气结束后，关闭所有排气阀门。通过该方式获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需要冷藏。冷却完毕，由排水管放净冷却水，然后开启锅门，推出小车，再装入下批罐头杀菌。