不同型号的二级生物安全柜的主要区别在于：排气的比例以及气体经过空气高压再循环的比例不同。另外，不同的二级生物安全柜具有不同的排气方式：有的安全柜将空气过滤后直接排到室内，有的是通过连接到专用通风管道上的套管或通过建筑物的排风系统排到建筑物外面。
二级生物安全柜的一个独有特征就是由垂直层状薄片的(无定向的)HEPA过滤器过滤后，再安全柜内部形成向下流动的气流。气流不断地冲能可产生空气传播的安全柜内部，从而避面存放在柜体内的样品受到。这样的气流被称作下沉气流。
生物安全柜中清洗溢出物的步骤
实验室应该有一个或多个组件可以随时解决泄漏问题。项目包括易于阅读的泄漏响应标准操作程序（SOP）概要 - 应该由实验室中的每个人发布，生物安全柜二级，阅读和理解 - 以及适当的个人防护设备（PPE），包括眼睛保护，生物安全柜行业标准，清洁实验室外套或磨砂和备用套穿鞋，以防发生衣物污染。您还需要吸收材料，***（例如，生物安全柜标准，10％漂白剂），钳子或镊子来拾取破碎的容器和生物危害废物容器。
生物安全柜同时在使用的过程当中，也应该及时的注意清洁和消毒。因为实验完毕之后实验柜当中可能会残留着一些微生物如果不加以消毒和清洁那么这些微生物可能会影响生物安全柜的使用，生物安全柜，甚下一次实验。所以在实验完毕之后务必要进行及时的清理和消毒，这样才能确保安全柜的使用寿命以及使用过程中的安全。 一般而言，生物安全柜都设置了警报器。这种警报器也是为了确保整个使用过程中尽可能的安全以及满足相关的实验需求。所以实验者可以根据自身的需求在两种警报器当中选择一种来安装到生物安全柜中。
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