生物有机肥富含有益微生物菌群一般生物肥都含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还可能含有固氮菌、钾***、磷***、光合***及假单胞菌等一些根际促生菌（PGPR）。这些菌除了具有产生大量活性物质的能力外，有的还具有固氮、解磷、解钾的能力，有的具有***植物根际病原菌的能力，有的则具有改善土壤微生态环境的能力。
生物有机肥图片
在实际生产中，化肥的利用率只有30%～45%甚至更低，未被利用的化肥一部分分解释放到大气中，生物有机肥使用方法，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接利用，造成土壤酸化/盐渍化和板结等不良后果。当施入生物有机肥后，生物有机肥，其有益微生物活动就能改善土壤结构，增加土壤保水保肥能力，从而减少养分的流失。加上有机质、有益微生物解磷解钾作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
生物有机肥含有许多有机酸、腐植质酸及其他羟基类物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素螯合形成螯合物，生物有机肥的原料，可防止土壤对这些营养元素的固定而失效。比如，生物有机肥与磷肥掺合施用，其中的有机酸等螯合物能将土壤中活性很强的铝离子螯合，可防止铝与磷结合形成作物很难吸收的闭蓄态磷，大大提高土壤有效态磷含量。
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