一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按***标准施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不彻底、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室布局不科学等。
无尘车间的设计不仅要求对室内的空气进行净化达到规定的空气洁净度等级，还必须防止因无尘车间的建造用材料、装饰方式不当带来的污染，有的无尘车间还要求供给纯水、超纯气体和高纯的***等。食品无菌室严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。 食品净化车间应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。 洁净车间无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
凡进入该区域的人员，必须经过该阶段管理规定的培训，并佩带相应的胸徽（准入证）入室；进入该区域的人员，应穿着干净的工作服、鞋具，后期应穿着洁净服、洁净鞋(或普通干净的鞋共应会穿洁净鞋套〉:带入的材料应是洁净的，工具、机具要清洗干净后才能带入室内；所有产尘作业须严加控制，发生碎屑、尘埃，应立即用吸尘器清除；洁净室内不得吸烟、饮食和饮水；洁净室内每天由专职人员至少清扫一次；室内防止堆积过多材料；除必须的、物流门洞外，其他门洞应予以封堵；室内严禁大小便；有违犯以上规定者，应立即取消在无尘车间工作的资格。
