卧螺离心机的密封结构相当重要，如密封部分的效果不好，对物料产品的质量有很大影响。目前一般采用迷宫式结构，这种密封结构的间隙一般是沿离心机轴向间隙为2.5-3毫米，其径向间隙为10毫米。另一种仿迷宫密封结构，其径向间隙约为6奄米，加上晶体在密封口自行堆积，能防止转鼓内气流经外滋流带出液雾。
造成卧螺离心机振动的原因很多，要求在筛网的装配上注意同转鼓的紧密贴合，保持一定的刚度，消除运转的不平衡，同时采取密封措施保证轴承润滑良好，对改善运转条件是有利的。
为了防止振动，减振器的安装精度要求较高，各螺栓松紧要一致。有的在橡皮垫外圈加上金属保护套，以防止腐蚀气体使橡皮垫失去弹性。
而且预处理很重要，分离加工有粘性物料，在工艺允许范围内，应进行进行洗涤这类预处理操作；通过措施相对提高固相物料颗粒大小来延伸卧螺离心机的分离加工能力，在工艺不变的情况下，可以考虑投放絮凝剂、助凝剂、沉淀剂等药剂来提高卧螺离心机分离效率。
由于卧螺离心机的转动惯性较大，其启动电流大，持续时间较长，故电气设备及线路应能承载较大的负荷；不要超过卧螺离心机铭牌或说明书中的转速和固体密度。在机器安装未牢固前，不允许操作卧螺离心机；启动前，应拧紧机盖压紧螺栓及皮带罩固定螺栓。
操作卧螺离心机时，如有明显异常和振动，应立即停机检查；旋转部件如转鼓、螺旋推料器在维修时需要焊接、打磨时需与原生产厂家联系。 离心机长时间不使用时，应断开主、辅电机的电源；不使用时，应至少每周用手盘动转鼓一次。
制备性离心机两离心管重量之差不得超过0.1g。有套筒的离心管应带套筒一起平衡。离心管套筒不得在不同离心机之间混用。在达到平衡条件之后，在添加物料的时候，也应当保持平衡，以免离心力不对称损坏离心轴，造成严重事故。平衡好的离心管对称放好后盖好螺旋沉降离心机盖，打开电源，设置离心机转速和离心转速。
在快要达到分离设定时间的时候，应及时开启减速或者是速度调节旋钮减速。待螺旋沉降离心机自然停止转动后，开盖取出离心管。关闭电源，拔掉电源插头。清洗离心机、离心室、离心管、套筒等。
螺旋沉降离心机本身还设置有自动控制操作系统，设定离心速度、离心时间、温度、真空度等参数后，开启开关，设备将会自动运行。待达到相关参数之后，记录时间，达到设定时间之后螺旋沉降离心机自动停机，减速装置自动开启。