在绿色食品生产中的作用
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农yao和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累***物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的jun种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
一般有机肥大多作为基施，有机肥富含有机质，是改良土壤和增加土壤肥力的物质之一。因为它的肥效长，肥效慢，要想有机肥达到预期的效果，在使用前必须经过充分的腐熟，如果在后期追施，效果不如复合肥明显，微生物菌肥好与有机肥同时使用，有机肥是微生物菌肥好的搭配伙伴，和有机肥一起施入土壤后，经过大量的繁殖，可以起到以有益菌******菌的效果。微生物菌肥也可以单独使用或定植前后使用，但是不可以和化肥混合使用。
另外在一块田地的土壤当中，要想把握住怎样确定是否应该使用哪种肥料，好还是应该经过测土化验，了解土壤中所含有的各种营养元素。做到有的放矢，才能发挥肥料的利用率大化。
微生物菌剂与微生物菌肥的区别：
菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（GB 20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活提制品，它是菌肥大类的其中一种。国标功能菌的含量为2亿/克，这是微生物肥料类中功能菌含量高的一种，是少量使用的。主要用途是与其他畜禽粪便、植物秸秆及其他动植物残体一起施用，或者发酵起到腐熟和补充有益功能菌的作用。菌剂一般包装小，2-5公斤，亩用量也是2-10公斤就可以了。